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| 連想情報学研究開発センター |
| 大規模コンテンツを対象に連想計算機構の研究開発を行い､人間の連想能力を高めることを支援する実践的な情報技術を構築します。 |
| 社会共有知研究センター |
| 情報共有基盤システムの研究開発、共有知形成過程の収集分析及び研究成果の普及促進活動を行うことにより、次世代の情報通信技術及び情報共有基盤システムの開発を支援します。 |
| 戦略研究プロジェクト創成センター |
| 研究の展開を組織的に支援することが必要とされる情報学研究の重要課題に対して、その組織化や資源提供を行います。 |
| 学術ネットワーク研究開発センター |
| 最先端学術情報基盤（CSI）の中核である学術ネットワークと全国共同電子認証基盤に関して、関係諸機関と連携し、先端的な研究開発の企画とネットワークとシステム構築を推進します。 |
| 学術コンテンツサービス研究開発センター |
| 最先端学術情報基盤（CSI）の上で活用される学術的なデジタルコンテンツの生成や共有に関して、関係諸機関と連携し、先端的な研究開発およびその流通等に関する企画立案を行います。 |
| 学術コンテンツ運営・連携本部 |
| 最先端学術情報基盤(CSI)の中核となる学術コンテンツの形成及びサービスの提供について企画立案し、運営を行う組織です。 |
| 未来価値創発型情報学研究連合 |
| 未来の社会的、技術的要請に応える未来価値の創発を目指して、長期的重要課題を設定し、全国大学や研究機関などとの広範な連携によって、情報学の難問解決に取り組みます。 |
| 情報学による社会公共貢献や産学官連携を推進し、社会や産業界への研究成果の有効な還元や新しい価値の創成を推進するとともに、連携活動推進のモデルやフレームワークの構築に取り組みます。 |
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